前面我們有介紹了利用10x Space Ranger軟件分析空間轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)得到可用于下游分析的矩陣和鏡像文件。今天來介紹一下怎么利用Space Ranger的結(jié)果文件進(jìn)行后續(xù)分析，這里主要使用Seurat在進(jìn)行下游分析。

前期軟文我們整理了單細(xì)胞核測(cè)序（snRNA-seq）相對(duì)于單細(xì)胞測(cè)序（scRNA-seq）的一些優(yōu)勢(shì)，包括細(xì)胞類型多樣性，酶解偏好性，樣本類型（冰凍或者新鮮樣本），酶解產(chǎn)生的應(yīng)激性等方面。涉及的組織主要集中在腦，腎臟和心臟。其實(shí)，snRNA測(cè)序還有其他的優(yōu)勢(shì)，比如可以更好的研究基質(zhì)內(nèi)嵌的間充質(zhì)細(xì)胞；減少線粒體相關(guān)基因，管家基因的檢測(cè)；以及可以識(shí)別更多的lncRNAs。

10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)跑完Space Ranger之后都會(huì)生成單個(gè)樣本的cloupe.cloupe文件，這個(gè)文件可以用Loupe Browser來對(duì)單個(gè)樣本進(jìn)行可視化，Loupe Browser操作簡(jiǎn)單、結(jié)果直觀，非常適合不太會(huì)寫代碼的老師或同學(xué)來自己挖掘數(shù)據(jù)。

本期的主題是胃腸道腫瘤，為大家搜集了RNA m6A修飾的相關(guān)研究，樣本類型有全血、細(xì)胞和組織。其中全血樣本的研究主要為了尋找標(biāo)志物，而細(xì)胞和組織通常會(huì)結(jié)合出現(xiàn)，以便進(jìn)行深入的機(jī)制研究。

伯豪生物通過互聯(lián)網(wǎng)收集到8月單細(xì)胞測(cè)序相關(guān)文獻(xiàn)41篇（平均IF>9），于本文末列出單細(xì)胞測(cè)序文獻(xiàn)發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺(tái)等信息，伯豪生物隨機(jī)挑選了其中5篇，供大家查閱，以期望提供更多單細(xì)胞測(cè)序科研思路給科研領(lǐng)域內(nèi)的各位科研工作者。

伯豪生物單細(xì)胞測(cè)序常用研究方向分析，從客戶單細(xì)胞揭示胰腺導(dǎo)管腺癌（PDAC）的異質(zhì)性和惡化發(fā)展闡述單細(xì)胞測(cè)序的熱點(diǎn)及案例解讀，以圖文并茂的方式闡述了單細(xì)胞測(cè)序科研技術(shù)成果，編者寄希望通過單細(xì)胞測(cè)序的熱點(diǎn)及案例的解讀帶給讀者更加適合的科研視角。

轉(zhuǎn)眼8月已經(jīng)過去，伯豪生物為大家精心收集了以DNA甲基化研究為主題的較新研究成果，截止發(fā)文，伯豪生物8月以DNA methylation為關(guān)鍵詞檢索到文獻(xiàn)一共有536篇，伯豪生物精選了6篇作為重點(diǎn)分享DNA甲基化分析研究寄希望帶給讀者更多的DNA甲基化研究思路，包括帕金森、腸炎、婦科癌癥和植物發(fā)育等DNA甲基化內(nèi)容的研究等。

一般我們拿到10x空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的結(jié)果先看的肯定是web_summary網(wǎng)頁報(bào)告，因?yàn)閺倪@個(gè)結(jié)果里面我們大概就能判斷你的數(shù)據(jù)好不好，不好的問題在哪里，數(shù)據(jù)到底能不能用等等。這里來詳細(xì)介紹一下怎么看10x 空間轉(zhuǎn)錄組web_summary網(wǎng)頁版報(bào)告。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)是在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律，從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。借助轉(zhuǎn)錄組學(xué)來研究腫瘤的發(fā)病機(jī)制，尋找用于腫瘤診斷和防治的生物標(biāo)志物一直是腫瘤研究熱點(diǎn)，今天小編要和大家分享幾例轉(zhuǎn)錄組學(xué)在胃腸腫瘤中的應(yīng)用。

前面介紹 Space Ranger 的使用的時(shí)候有提到過，一種是自動(dòng)對(duì)齊（只需要提供圖片文件），另外一種是手動(dòng)對(duì)齊（除了需要提供圖片文件，還需要提供圖像組織位置跟 spot 對(duì)應(yīng)信息的 json 文件）。本文帶你一分鐘了解 10x空間轉(zhuǎn)錄組Visium 的 圖像手動(dòng)對(duì)齊 應(yīng)該怎樣做！